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景杰生物/整理编者按: 当下蛋白质组学研究正如火如荼地发展,随着技术的不断成熟,蛋白质组学作为一种强大的高通量分析工具,已经被科研工作者广泛应用并且在不同的领域发挥着重要作用。一般而言,以蛋白质组学数据驱动的文章研究思路主要如下图所示: 图1. 蛋白质组学研究思路概述当然,针对不同类型的实验样本设计以及对课题的深入程度,后续所进行的进一步研究工作会有所不同,所做的文章层次也有一定区分。通常来讲,更新颖的选题(如热门的新型修饰),更严谨的实验设计,以及更全面的功能实验是助力高水平文章发表的几大关键因素。在这里,我们汇总了一部分常见的蛋白质组学及相关领域期刊的介绍、文章的研究思路以及文章举例,供您参考,希望对您的投稿工作有所助益。1第一档期刊(影响因子10分左右及以上)介绍:该分数段的期刊主要包括:Cell(IF:31.398, 一区),Nature ( IF:41.577,一区) ,Science ( IF:41.058,一区) 及部分子刊包括Cancer Cell ( IF:22.844, 一区) ,Cell Metabolism ( IF:20.565, 一区) ,Molecular Cell ( IF:14.2...
1、Western Blot的泛抗体实验中,为什么总是出现只有一条带的情况?答:(1) 首先要确定这条带的大小;比如,组蛋白H3的信号会很强,经常出现在17kD左右,如果曝光时间短的话,很可能只存在信号强的条带;       (2) 上样量是否足够;       (3) 抗体浓度是否正确使用;       (4) 荧光底物不灵敏,可调整荧光底物的孵育时间、曝光时间等。2、Western Blot实验中是否条带越多,蛋白修饰的丰度越高?答:(1) 客户提到的修饰丰度指什么,是一种蛋白的修饰强弱,还是指修饰的广谱性?       (2) 同一样品,不同处理的对比,可以这么说;       (3) 不同样品,不同来源,无可比性;       (4) 条带的强度,可以体现该条带大小的蛋白修饰丰度高。3、我们的泛抗体做Western Blot的比例多少,100微升可以做多少次?答:我们推荐稀释比例都是1:1000,客户可以根据实际情况自行调整。4、用乙酰化、琥珀酰化泛抗体做We。。。
1、景杰生物有哪些蛋白质修饰抗体?答:按制备原理分为:单克隆抗体、多克隆抗体;       按识别范围分为:泛抗体、位点特异性抗体;       按修饰类型分为:常见类型修饰,Kac, Kme, phospho, K(gly-gly) 等;       新型酰化修饰类型,Ksucci, Kcro, Kbuty, Kprop, Kmal等。2、抗体产品的基本应用?答:ELISA、Dot Blot、Western Blot、IF、IP、ChIP。3、你们公司的泛抗体指的是什么抗体?答:我们公司的蛋白质修饰泛抗体是相对于组蛋白位点特异性抗体而言的。泛抗体可以识别某一类含有某种修饰性氨基酸残基的蛋白质。公司拥有种类齐全的泛抗体类型,不仅有常见的乙酰化、磷酸化等泛抗体,还有独特的琥珀酰化、巴豆酰化、丁酰化、丙酰化、丙二酰化等泛抗体。4、能否用泛抗体检测单一蛋白/IP复合物的修饰信号?答:我们公司的蛋白质修饰泛抗体是指可以识别所有含该类修饰的蛋白质的抗体,与组蛋白位点特异性修饰抗体的区别在于不局限于某个蛋白的某个位点。如Lys三甲基化的修饰泛抗体可以识别所有含有Lys三甲基化的蛋白,而组蛋白H3K4Me3就只能特异性的识别组蛋白H3第4位Lys的三甲基化修饰。因此泛...
1、iTRAQ和Label-free所用的搜库软件及其版本、定量分析软件是否一致?答:搜库软件是不一致的:iTRAQ数据采用Mascot(2。3。0);Label-free则是maxquant(1。4。1。2)。2、iTRAQ/TMT和Label-free技术都有哪些优缺点?答:(1)定量准确性:iTRAQ/TMT的定量准确性和重现性要明显优于Label-free, Label-free的样本之间不能直接混合,导致定量的结果受到的影响因素多,因此定量结果的准确度较低。(2)鉴定通量:Label-free通量相对较高,而iTRAQ/TMT由于标记基团的影响,鉴定通量较Label-free低。(3)修饰组学:Label-free定量,修饰肽段的富集(即IP)是各组分开进行的,很可能造成富集的不平行,最终造成定量不准确。因此,我们通过加入内标肽段来归一化以减少富集步骤引入的误差。而iTRAQ/TMT标记的修饰组,修饰肽段的富集是各组标记、混合后同时进行的,所以不会存在富集的不平行。因此,修饰组的定量,iTRAQ/TMT方法的定量准确性优于Label-free。(4)其它:目前泛素化修饰定量组学只能用Label-free来做。3、常用的蛋白质翻译后修饰参考数据库有哪些? 数据库名称 网址 修饰类型 数据内容 SysPTM 。。。
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